La localidad le debe su nombre al cercano cerro. El nombre “Chaltén” proviene del ahonikenk o lengua tehuelche, y significa "montaña humeante", debido a las nubes que casi constantemente coronan su cima, lo que unido a la denominación ancestral ha llevado a creer erróneamente que se trataba de un volcán.

La montaña fue considerada sagrada para los poblaciones nativas y forma parte de su cosmogonía. Francisco Pascasio Moreno lo bautizó como Fitz Roy el 2 de marzo de 1877 en honor al capitán del HMS Beagle, Robert Fitz Roy, quien recorrió el río Santa Cruz en 1834.

Aunque la cartografía oficial argentina ha preferido, en los últimos años, recuperar la denominación ancestral y denominarlo El Chaltén.” Los alrededores de El Chaltén combinan la magia de los glaciares cercanos, las lagunas escondidas, el celeste lago Viedma y la mística presencia del cerro Fitz Roy o Chaltén que se puede observar su imponente figura dominando el paisaje desde el pueblo.